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北京儿童医院医院内分泌科开设肥胖与减重门诊，筛查导致肥胖的内分泌疾病(如垂体、肾上腺、甲状腺疾病、下丘脑综合征等)，评估营养状况，进行营养代谢状态分析，并对患者进行个体化减重指导，帮助患者达到并维持目标体重。
肥胖的原因可以是营养性肥胖，也可以是病理性肥胖。随着社会经济水平的发展，肥胖已成为严重影响国人健康的重要问题。高热量食品、久坐的生活方式、工作生活压力等不健康的生活方式是导致非病理性肥胖的主要原因。
内分泌是指机体某些腺体或散在的特化细胞，能合成并释放具有生物活性的物质，随血液循环输送到其他部位的靶器官、靶细胞、传递细胞间信息，调节这些器官或细胞的代谢和功能的过程。这类生物活性物质称。内分泌系统和神经系统是调节机体的各种正常代谢和功能的两个既互相影响又协调的主要系统。体内的各种是在神经系统的参与下，通过复杂而精细的调节机制，保持在与机体发育阶段及功能状态相适应的水平。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。